参加者各位
High Throughput Computing（ＨＴＣ）を実現することができるKnoppixをリリース
いたしました。
その第一弾として、Knoppix for Bioの二階堂氏の協力のもと、Knob1.3.1にHTC機能
を付加した
アプリケーションセットと、その設定スクリプトを搭載いたしました。
これにより、１枚のＣＤで、クラスター計算機を構成し、ＨＴＣシステムとして利
用することができるようになります。
主な機能としては、並列ファイルシステムであるＰＶＦＳ２、そしてスケジューラで
あるCondorが利用できるようになります。
並列ファイルシステムは、メモリ上のＲＡＭＤＩＳＫを結合して仮想的に大きなサイ
ズ（十分なサイズ）のディスクを構成して、
認識できるようになります。この機能によって、従来Knoppixで実装されたバイオア
プリケーションのためのデータベースなどを
仮想ファイルシステム上に配置して、複数のノードからの検索などに応用することが
できるようになります。
また、Condorは非常に安定したスケジューラであり、優秀なワークフローエンジンを
備えておりますので、かなり大規模で、
複雑なフロー処理も実行することが可能となっております。この二つのアプリケー
ションをKnoppixという媒体に
載せて融合させることにより、インスタントなHigh Throughput Computing環境を提
供することが目的です。
特にこのようなクラスター計算機は、既存システムに影響を与えずに構成できるため
に、誰でも試すことができため、
一時的に計算機を融通したりする場合に利用することができるために、その応用範囲
は広がるはずです。
今後も我々は既存のKnoppixのセットにＨＴＣやＨＰＣ機能を付加し、利用スケール
を拡大する研究を推進する予定でおります。
ＨＴＣ Edition作成には、埼玉医科大学 二階堂先生や産業技術総合研究所 須崎
先生に協力していただきました。
スクリプト作成には、浜野裕介氏、石井学氏に多大な貢献をしていただきました。
関連ＨＰ
http://big.gsc.riken.jp/big/Members/fumikazu/htc
理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター(GSC)
ゲノム情報先端技術研究グループ広域分散情報統合研究チーム
研究員 小西史一 博士（工学）
〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
tel:045-503-9602, fax:045-503-9559
mailto:fumikazu@xxxxxxxxxxxxxxx
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