理研の小西です。
IPABからリリースしました、Knoppix for Molecular Simulationの High
Throughput Computing Editionを
平成19年3月9日の第3回IPABセミナーにおいて、お配りいたします。また、Knoppix
for Molecular Simulationの
簡単な使い方をレクチャーするセミナーコースも準備しておりますので、是非ともご
参加ください。
セミナーコースの詳細は以下のURLでご確認ください。参加者は、自身のPC持参と
なり、
セミナーで行った操作を自宅でも行うことができるように配慮しました。なお、この
CDは、Java3Dが含まれており、
ネットワークからのダウンロードができませんので、当日渡しとなります。ふるって
ご参加ください。
http://www.ipab.org/eve_sem.html
第３回セミナー◆平成１９年３月９日（金） 13：30〜17:05（予定）
サン・マイクロシステムズ(株）用賀オフィスセミナールーム
◎Knoppixでクラスターを構成するライブデモも予定しております。
プレスリリース
並列生物情報処理イニシアティブ（IPAB）では、Knoppixを使った分子シミュレー
ションプログラム利用技術取得のためのハンズオンセミナーを国内初の提供。
ポイント
“Knoppix for Molecular Simulation High Throughput Computing Edition”（分子
シミュレーション高速処理計算機用クノーピクス）を開発
集録アプリケーションプログラムを使い、分子シミュレーションの理解と、プログラ
ムの利用技術習得に貢献
IPAB(理事長 小長谷 明彦)（※1）において設置されたKnoppix Working Group（※
3）により製作された、Knoppix for Molecular Simulation High Throughput
Computing Editionには、分子間相互作用シミュレーションを行うソフトウェア
Advance/BioStation(デモンストレーション版）（アドバンスソフト社製）（※4）
や、分子モデリングソフトウェアMolWorks（ベストシステムズ社製）（※6）など複
数の分子シミュレーション関連ソフトウェアを多数集録し、複数の計算機を使ったク
ラスター環境下で並列プログラムを実行するMPIサービスを提供いたします。複数の
計算ノードにより構成される計算プールを構築することで、ハイスループットな計算
処理を効果的に実現するミドルウェアとして、ウェスコンシン大学で開発された
Condorスケジューラサービスを自動的にセットアップする機能が実装されています。
また、これらのシステムの動作確認においては、一般的なIA32の計算機上における動
作に加え、サンマイクロシステムズ社から提供された高性能計算機SunFire V20z(※
７）における動作を確認しました。
平成19年3月9日の第3回IPABセミナーにおいて、Knoppix for Molecular
Simulationを実際に使ったハンズオンセミナーを実施し、実際にFMO法（※5）を使っ
ている研究者によるセミナー形式のレクチャーを通して本Knoppix CDの利用方法を紹
介します。参加者は、CD-ROMでブート可能なノートPCを持参し、実際にKnoppix CDを
起動して講義を実施いたします。 http://www.ipab.org/eve_sem.html
IPABにおいて、ソフトウェアや、システムの構成について情報発信を行うことで、並
列生物情報処理分野の活性化に貢献します。
※１）IPAB: 特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ、英文名
Initiative for Parallel Bioinformatics（略称IPAB）。2000年に設立された企業コ
ンソーシアム。現在会員企業２７社。バイオインフォマティクス研究者、及び一般市
民に対して、PCクラスタ等の並列分散処理技術を活用したバイオインフォマティクス
技術の研究、啓発、普及促進等の活動を行い、もって科学技術の振興と情報化社会の
発展に貢献することを目的としている。
※２）Knoppix: ドイツで開発されたCDから起動することができるLiveOS型のLinux
ディストリブーション。システムの起動をCD等の記憶デバイスから行い、各種デバイ
スなどを自動的に認識する能力に長けており、プログラムなど改変が必要のないプロ
グラムは、直接CD上のファイルを利用し、改変の必要な設定ファイルなどは、主記憶
装置から分割されたRAMディスク上に保管することにより、計算機上のハードディス
ク上に直接インストール無しに、計算機利用環境を構築することができる機能をサ
ポートしている。日本国内のKnoppix情報は、
http://unit.aist.go.jp/itri/knoppix/）で情報が公開されている。
※３）Knoppix Working Group: 理化学研究所、アドバンストソフト、ベストシステ
ムズ、サンマイクロシステムズ
※４）Advance/BioStation（デモンストレーション版）: アドバンスソフト社が開発
販売しているソフトウェアパッケージの試用版。非経験的フラグメント分子軌道法
（FMO法）と呼ばれる方法を用いた量子化学計算プログラム(ABINIT-MP)と、その計算
結果を解析するGUIプログラム(BioStation Viewer)を一つにまとめている。タンパク
質、DNA、糖鎖などの高分子と低分子およびこれらを複数含む分子系を対象に、特に
分子間相互作用を高精度で高速に計算できる。このソフトウェアは、東京大学生産技
術研究所計算科学技術連携研究センターが実施した文部科学省ITプログラム「戦略的
基盤ソフトウェアの開発」プロジェクトおよび文部科学省次世代IT基盤構築のための
研究開発「革新的シミュレーションソフトウェアの研究開発」プロジェクトの成果物
をアドバンスソフト社が商品化したものである。 アドバンスソフト社はこれらのプ
ロジェクトに参加し、ソフトウェアの開発を担当しており、独自に改良したものの販
売、保守を行なっている。http://www.advancesoft.jp/
※５）FMO法: 非経験的フラグメント分子軌道法（ab initio Fragment Molecular
Orbital Method）。分子軌道法の1種である。タンパク質、DNAなどの高分子をフラグ
メントと呼ばれる小さな原子団（アミノ酸残基、ヌクレオチドなど）に分割して量子
化学計算を行い、その結果を利用して元の分子の性質を計算する方法。分子全体に広
がった本来の分子軌道を計算することはあきらめ、フラグメントの周囲に局在した分
子軌道を扱う。その代わり、相互作用エネルギーなどを高速に高精度で計算する。特
にフラグメントレベルで相互作用を解析できるので、分子設計等で有用な情報が得ら
れる。
※６）MolWorks: 株式会社ベストシステムズ社が開発配布を行っている統合型分子設
計支援ソフトウェア。分子モデルの構築、物質特性の表示が可能。また各種化学シ
ミュレーションソフトウェアとのインタフェースを持っている。現在フリーソフト
ウェアとして提供中。http://www.molworks.com
※７）SunFire V20z: サン・マイクロシステムズ株式会社が提供するAMD Opteron
CPUを搭載したX64高性能コンピュータ。 同社はバイオインフォマティクス環境に必
要且つ最適なコンピュータソリューションを提供し、N1 GridEngine等の並列処理技
術を可能とするソフトウェア活用支援・機能性能検証等でのプラットフォーム技術支
援を行っている。
連絡先:
特定非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ
【IPAB事務局】
〒111-0054 東京都台東区鳥越2-7-4 （株）ベストシステムズ内
Email：office@xxxxxxxx URL:http://www.ipab.org/index.html
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