[knoppix:5531] KNOP PIX3.8.2でMPIの処理速度が低下

こんにちは

KNOPPIX3.8.2でMPIを使った並列処理を行おうとしているのですが，並列処理の
処理速度が異常に遅くて困っています．
同環境でKNOPPIX3.3での処理速度は遅くはないのですがKNOPPIX3.8.2では処理速
度が激減します．
原因はKernelのバージョンが2.4から2.6に更新されていることかと考えているの
ですが，本当の所はよく分かりません．
なにか原因が思いつく方はお知らせください．

ちなみにKNOPPIX3.3ではなくKNOPPIX3.8.2を使わなければならない理由は今回の
並列処理を行うPC環境ではKernel2.6系でしかKNOPPIXが起動しないからです．