理化学研究所の小西です。
バイオインフォマテックス分野におけるアプリケーションであるＥＢＩの
InterProScan4.1の実行環境をインスタントに
構築するKnoppixをリリースいたします。
主な機能は以下のとおりです。
１） InterProScan4.1の実行環境がインスタントに構築することができる。タ
ンパク質の機能ドメイン検索が実行できる。
２） ＰＶＦＳ２によって、クラスター計算機を構成しているワークノード上の
ラムディスクを仮想的に
統合して、ＩｎｔｅｒＰｒｏＳｃａｎのデータベース（約６Ｇ）を配置する
ことを可能にした。よって使用ノード数は、
ワークノードが持つメモリサイズに依存します。
３）Condorスケジューラを使って、ワークノードにジョブを自動サブミットする
機能を組み込んだ。
（vanila, standard, MPI の各ユニバースが利用可能）
４）Ｇａｎｇｌｉａによって、全てのノードの状態を監視できるようにした。
５）以上の構築を、Ｗｅｂブラウザーから操作できるようにした。
６）ワークノードへのイメージの配布は、ＰＸＥブートを使ったネットブートで
構築ができるようにした。
数十ノードであれば、１５分程度で構築が可能。 64ノードまで確認済み。
７）システムを再起動することで、元の計算機に戻せるように留意した。
８）産総研のGfarmも収録し、ＰＶＦＳ２の変わりに近日選択できる予定。
などなどの機能が付加されております。
使っていただきたいユーザ層
＊ InterProScanを利用したいバイオ研究者で、クラスターは持っているんだ
けど、自分では設定をしたことは無い人。
＊ 期日までにどうしても、タンパク質機能ドメイン検索をやりたいんだけ
ど、クラスターは持っていない。でも、周りに
使えそうなＰＣや、週末の間だけ貸してもらえそうな計算機がある人。
＊InterProScanには興味があるんだけど、自分の計算機にインストールしてま
では試したくない人。
配布情報
11月12日からシアトルで開催されるSC05にて、本システムのイメージＣＤの配布を行
います。
日本でのＣＤ配布と、イメージの配信は、ＣｏｎＳＹＳ２００５での関連発表後に開
始できるように準備しております。
詳しくは、 http://big.gsc.riken.jp/index_html/Members/fumikazu/htc
理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター(GSC)
ゲノム情報先端技術研究グループ広域分散情報統合研究チーム
研究員 小西史一 博士（工学）
〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
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