[knoppix:5759] Re: KNO PPIX for InterProScan4. 1 High Throughput Comp uting EditonのＳＣ０５でのリリース

須崎です。

SuperComputing05 で配るのですね。
    http://sc05.supercomputing.org/

是非ともご本家でもアナウンスして下さい。
  メイリングリスト http://lists.debian.org/debian-knoppix/
  フォーラム http://www.knoppix.net/forum/
  # Ideas なら登録すればだれでも投稿できます。

ところで現在下記サイトは見えないです。落ちているのかな。
 >>詳しくは、　http://big.gsc.riken.jp/index_html/Members/fumikazu/htc

------
suzaki

 >>From: "Fumikazu KONISHI" <fumikazu@xxxxxxxxxxxx>
 >>Subject: [knoppix:5755] KNOPPIX for InterProScan4.1 High Throughput 
 >>Computing EditonのＳＣ０５でのリリース
 >>
 >>理化学研究所の小西です。
 >>
 >>　バイオインフォマテックス分野におけるアプリケーションであるＥＢＩの
 >>InterProScan4.1の実行環境をインスタントに
 >>構築するKnoppixをリリースいたします。
 >>
 >>　主な機能は以下のとおりです。
 >>
 >>　　１）　InterProScan4.1の実行環境がインスタントに構築することができる。タ
 >>ンパク質の機能ドメイン検索が実行できる。
 >>　　
 >>　　２）　ＰＶＦＳ２によって、クラスター計算機を構成しているワークノード上の
 >>ラムディスクを仮想的に
 >>　　　　統合して、ＩｎｔｅｒＰｒｏＳｃａｎのデータベース（約６Ｇ）を配置する
 >>ことを可能にした。よって使用ノード数は、
 >>　　　　ワークノードが持つメモリサイズに依存します。
 >>
 >>　　３）Condorスケジューラを使って、ワークノードにジョブを自動サブミットする
 >>機能を組み込んだ。
 >>　　　　（vanila, standard, MPI の各ユニバースが利用可能）
 >>
 >>　　４）Ｇａｎｇｌｉａによって、全てのノードの状態を監視できるようにした。
 >>
 >>　　５）以上の構築を、Ｗｅｂブラウザーから操作できるようにした。
 >>
 >>　　６）ワークノードへのイメージの配布は、ＰＸＥブートを使ったネットブートで
 >>構築ができるようにした。
 >>　　　　数十ノードであれば、１５分程度で構築が可能。　64ノードまで確認済み。
 >>
 >>　　７）システムを再起動することで、元の計算機に戻せるように留意した。
 >>
 >>　　８）産総研のGfarmも収録し、ＰＶＦＳ２の変わりに近日選択できる予定。
 >>
 >>　　などなどの機能が付加されております。
 >>
 >>
 >> 使っていただきたいユーザ層
 >>
 >>　　　＊　InterProScanを利用したいバイオ研究者で、クラスターは持っているんだ
 >>けど、自分では設定をしたことは無い人。
 >>　　　＊　期日までにどうしても、タンパク質機能ドメイン検索をやりたいんだけ
 >>ど、クラスターは持っていない。でも、周りに
 >>　　　　　使えそうなＰＣや、週末の間だけ貸してもらえそうな計算機がある人。
 >>　　　＊InterProScanには興味があるんだけど、自分の計算機にインストールしてま
 >>では試したくない人。
 >>
 >>
 >>配布情報
 >>
 >>
 >>11月12日からシアトルで開催されるSC05にて、本システムのイメージＣＤの配布を行
 >>います。
 >>日本でのＣＤ配布と、イメージの配信は、ＣｏｎＳＹＳ２００５での関連発表後に開
 >>始できるように準備しております。
 >>
 >>詳しくは、　http://big.gsc.riken.jp/index_html/Members/fumikazu/htc
 >>
 >>
 >>理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター(GSC)
 >>ゲノム情報先端技術研究グループ広域分散情報統合研究チーム
 >>研究員　小西史一　博士（工学）
 >>〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
 >>tel:045-503-9602, fax:045-503-9559
 >>mailto:fumikazu@xxxxxxxxxxxx
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