初めまして、関嶋と申します。
しばらくROMしていましたが、少しだけ知っていることが出て来ましたので。
> 丹と申します．
> > dockingやfoldingのソフトはいろいろありますが、
> > NAMDはフリーだったと思います。性能はかなりいいとか...。
> > AMBERも、非商用なら、フリーだったかな。オープンじゃないけど。
>
> 以前，amber のライセンスはメディア配布のみでちょっときつめでした．
> # 今は変わっているかもしれません．
AMBERはアカデミックで$400、商用で$20000です。性能を考えると
安いですし、ライセンスはサイトライセンスですので使い勝手は
悪くないです。例えば、私たちは1040台のPCクラスタから個人使用の
PCまでワンライセンスで使用しています。
> 本の方では，tinker の使い方が書いてありました．
tinkerはフリーだと思います。産総研にはPEACHという古明地さんが
開発したMDプログラムがあり、
（参照：http://staff.aist.go.jp/y-komeiji/ ）
これだとFMO-MDなども出来るので面白いかも知れません。
> 計算化学は，CPU リソースを湯水の様に使いますから，
> knoppix で構築するクラスターとも相性がよさそうですよね．
もっとも、ボタンを押せば”何か”が出て来てしまうので、そこで
意味があるような計算を行うのが大変なのだと思います。
＃それが面白いのだと思いますけど。
分子動力学シミュレーションは通信と計算負荷のバランスを考える時、
通信がボトルネックになるような印象が強いです。ですので、Myrinetなどの
結合や最低でも1000Baseくらいないとすぐさちります。私が普段使っている
クラスタシステム（http://www.cbrc.jp/cbrc/intro/cluster/NECphoto.ja.html）では
100残基程度のタンパク質の計算を行うのはせいぜい64CPUどまりです。
＃個人的には、16CPU単位で異なる条件でシミュレーションしたいです。
タンパク質ーリガンドドッキングシミュレーションに関しては、クラスタは
とても向いていそうです。CPU単位でタンパク質と結合しそうなリガンドの
スクリーニングをして理論上結合しそうなリガンドライブラリの作成とか。
初めての投稿ですので、自己紹介など。
普段はお台場で生体分子シミュレーションしています。タンパク質の働きと
形に興味を持っていますが、もともとは並列計算環境の研究をやっていました？！
knoppixをいじろうと思ったのは、私たちの研究成果を表に出す際、
プログラムの配布などに使うのにちょうど良いかな？と思ったからです。
後は趣味の領域ですが、深夜の事務官用PCや研究員用PCなどの有閑CPUを活用した
インハウスプログラムでの遺伝子発見とかやれれば面白いと思っています。
よろしくお願い申し上げます。
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関嶋 政和 / SEKIJIMA Masakazu, Ph.D.
Mail: m.sekijima@xxxxxxxxxx / Web: http://www.cbrc.jp/~sekijima/index_j.html
〒135-0064 東京都江東区青海2-43 青海フロンティアビル17階
独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
タンパク質機能チーム
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