knoppix-ml
こんにちは．丹です．
SEKIJIMA Masakazu san wrote (2004/11/05 5:13) :
>>>dockingやfoldingのソフトはいろいろありますが、
>>>NAMDはフリーだったと思います。性能はかなりいいとか...。
>>>AMBERも、非商用なら、フリーだったかな。オープンじゃないけど。
>>
>>以前，amber のライセンスはメディア配布のみでちょっときつめでした．
>># 今は変わっているかもしれません．
>
>
> AMBERはアカデミックで$400、商用で$20000です。性能を考えると
> 安いですし、ライセンスはサイトライセンスですので使い勝手は
> 悪くないです。例えば、私たちは1040台のPCクラスタから個人使用の
> PCまでワンライセンスで使用しています。
ちょっときつめと書いたのは，個人的趣味上での利用の範囲でというつもりで
した．仕事となればまた話しは別ですね．
> 分子動力学シミュレーションは通信と計算負荷のバランスを考える時、
> 通信がボトルネックになるような印象が強いです。ですので、Myrinetなどの
> 結合や最低でも1000Baseくらいないとすぐさちります。私が普段使っている
> クラスタシステム（http://www.cbrc.jp/cbrc/intro/cluster/NECphoto.ja.html）では
> 100残基程度のタンパク質の計算を行うのはせいぜい64CPUどまりです。
> ＃個人的には、16CPU単位で異なる条件でシミュレーションしたいです。
そうですね，巨大な系を分割して CPU に割り当てると粒子の位置のやり取り
に時間を取られてしまうみたいですね．構造/活性中心の部分を程よい大きさ
で切り取ってそれををそのまま1ノードに割り当て，沢山のマシンで全空間サ
ンプリングやってエネルギーの低いものを探して構造を予測．．．みたいなイ
メージで考えていました．
といっても，切り取ってしまうと溶媒とか周囲の影響はどうするのという話し
になってしまいますから，最初から扱う系を程よい大きさのものにするのが良
いのかななんて思っています．でも，興味のあるのはやっぱり大きな系だった
り．
> タンパク質ーリガンドドッキングシミュレーションに関しては、クラスタは
> とても向いていそうです。CPU単位でタンパク質と結合しそうなリガンドの
> スクリーニングをして理論上結合しそうなリガンドライブラリの作成とか。
CD-ROM の中に Merck Index 入れといて，KNOPPIX が立ち上がったらどっかか
らターゲット蛋白のデータを取りに行って，構造活性相関の高い分子を自動的
に探していくみたいなものは出来そうですね．
サウンドカードやビデオカードが認識できなくても全く問題無し，むしろ在る
と邪魔かも，なんて knoppix の話しに戻してみました．(笑
Folding@Home みたいに時間発展をうまく CPU に分割?できれば，MD でも何と
かなるのでしょうか．
# 数年前の知識ですので変な事書いているかもしれません．
以上です．
--
丹 英之(TAN Hideyuki) mailto:h.tan@xxxxxxxxxx
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