広島国泰寺高校の山田です．
前回のメール後に少し調べてみましたが，
本校の生徒が現在実験している環境では，
KNOPPIX上のMPI並列処理の速度が低下する現象は確認できていません．
どのようなMPIプログラムを何台のPCで実行しているのかわからないので，
はっきりとは言えないのですが，
ネットワークの問題で通信処理が遅いために速度が低下しているか，
各ノードに処理が正しく分散されていないかのどちらかだと思います．
MPICHということなので，試しにMPICHのサンプルプログラムの
cpi.cを実行して，PCの台数の変化でwall clock timeを見てはどうでしょうか？
このサンプルプログラムはほとんど通信処理の部分が無いので，
もとのままだた分割数ｎの値が小さすぎて処理が一瞬で終わるので，
ソースのｎの値を大きく書き換えてから実行してみてください．
PCの台数を増やしながら実行してみて，
ノードの台数にほぼ反比例して時間が少なくなっていれば，
各ノードに処理が正しく分散しているといえるでしょう．
また，今使っているMPIプログラムの状況を調べたいのでしたら，
MPI用のプロファイリングツールを使って見てはどうでしょう？
LAMならxmpiというのがありますが，MPICHにもたしか同じようなものが
あったはずです．たしかJumpshotとかいったような記憶がありますが・・・．
ところで，現在本校の生徒がLAMを使って電源ONからシャットダウンまでを自動で行
なう，
ネットワーク起動のMPI並列処理システムのKNOPPIXを開発しています．
すでにシステムは完成しており，性能試験等を今後実施する予定です．
この成果は高校生のための科学技術コンテストである日本学生科学賞のソリューショ
ン部門
に応募する予定です．正式な報告は後日改めてしたいと思います．
YAMADA
----- Original Message -----
From: <takeshi4@xxxxxxxxxxxxxxxxx>
To: <knoppix@xxxxxxxxxx>
Sent: Saturday, October 15, 2005 12:44 AM
Subject: [knoppix:5642] MPIでの並列処理が遅い
> Knoppix-v3.3上でMPIを使って並列処理を行っているのですが，処理速度が遅く
> て困っています．
> 同並列処理プログラムを同環境でVineLinuxで構築したクラスタ上で実行したと
> きと比べ約8倍も処理時間が長くなってしまいます．
>
> 並列処理中にCDを読み込んでいるために遅くなっているのではないかと思い
> ramdisk上に/usr/libや/etc等のMPI関係のファイルを配置してみましたが処理速
> 度に大した変化はありませんでした．
>
> ちなみに，並列処理ではなく通常のシングルCPUでの処理ではVineLinuxと
> Knoppixとで処理速度の違いはありませんでした．
>
> したがって，何らかの原因でKnoppix上での並列処理が遅くなっていることにな
> ります．
> どなたか何か思いつくところがありましたら教えてください．
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