天野です。
>Knoppix-v3.3上でMPIを使って並列処理を行っているのですが，処理速度が遅く
>て困っています．
>同並列処理プログラムを同環境でVineLinuxで構築したクラスタ上で実行したと
>きと比べ約8倍も処理時間が長くなってしまいます．
>
>並列処理中にCDを読み込んでいるために遅くなっているのではないかと思い
>ramdisk上に/usr/libや/etc等のMPI関係のファイルを配置してみましたが処理速
>度に大した変化はありませんでした．
>
>
Linuxでは、ディスクの内容がメモリ上にキャッシュされるため、
たとえ読み込みが遅くても、一度読み込まれてしまえば、ほとんど
問題なくなります。
>ちなみに，並列処理ではなく通常のシングルCPUでの処理ではVineLinuxと
>Knoppixとで処理速度の違いはありませんでした．
>
>したがって，何らかの原因でKnoppix上での並列処理が遅くなっていることにな
>ります．
>どなたか何か思いつくところがありましたら教えてください．
>
>
いままでのやり取りを忘れてしまったので、もう一度、確認させてください。
1. vineのkernelとlibのバージョン/ビルド
2. vineのMPIのバージョン/ビルドも?
3. knoppixのkernelとlibのバージョン/ビルド
4. knoppixのMPIのバージョン/ビルドも?
さて、いままでのやり取りでは、MPIよりkernelの方に問題あり
という感じであったと思います。そして、各機能ごとの測定では
(ネットワークも測定したのでしたか?)差がないということだったと思います。
そうなるとkernelのシステムコールが怪しくなってくるのでしょうかね。
MPIで使われるシステムコールを一つずつテストしてみてはどうでしょう。
おそらく、ベンチマークテストのツールがあるのではないかと思います。
なければ大変ですが。
予想としては、各kernelと、通常の測定/個別の機能の測定で比較したとき、
違ったシステムコールが使われる/利用される頻度に差の見られるシステムコー
ルがある、
ということです。で、そいつが原因ではないかと。
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